国迅速陷入四分五裂，一时间枭雄并起。
首先登场的是穆罕默德·法拉赫·艾迪德，他是推翻西亚德·巴雷的主要推手，他曾在巴雷政府中任将军。
1991年因为西亚德·巴雷怀疑其密谋发动政变而将其逮捕并判处6年徒刑。
但索国的实际动员能力掌握在部族受众，支持艾迪德的部族成立索国联合大会，奉其为首领，并推翻西亚德·巴雷的统治，控制了首都摩加迪沙和大部分南部索马里国土。
虽然推翻了巴雷政府，但他也无法掌控全部国土，即使自称总统也没得到国际社会的承认。
1991年5月18日，长期与中央政府不睦的索国西北部地区在独立运动领导人阿卜迪拉曼·艾哈迈德·阿里·图尔的领导下宣布成为“索马里兰共和国”。
紧接着，为争夺对首都摩加迪沙的控制权，“索国联合大会”发生分裂，艾迪德与索国联合大会内另一支武装的首领阿里·马赫迪·穆罕默德互相争夺首都的控制权。
这两派军阀主要控制首都摩加迪沙及周边地区。两方打了四个月都没争出个高下，最后划了一条“绿线”，各管各的地盘。
索国各地崛起了多个依托当地部族势力的地方军阀势力。这些军阀势力诉诸当地的部族诉求或个人利益诉求，纷纷割据一方。
随后，联合国决定派兵进入，联合国安理会先后通过第733号决议、第746号决议和第794号决议，授权以美国为首建立干预索国的维和部队。
1993年，联合国维和部队进入索国。两次联索行动都有大量国家参与其中旨在为索国恢复秩序为联合国后期进行人道主义救助铺路。
但是可笑的是，但是他们当时的总统却认为联合国的军事介入是对其统治的威胁，因此抵制联合国在索国部署维和部队的决定，对以美军为主力的维和部队开展城市游击战。
其中著名的有1993年的摩加迪沙之战，著名的“黑鹰坠落”的故事就发生在这次冲突中，这次冲突造成19名美军士兵和近千名索马里人死亡。
索国民兵拖着被烧焦的美军阵亡者游行的画面传回米国，极大刺激了美国民众的情绪，最终联合国维和部队被迫撤出索国。
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